Hiện nay thị trường thực phẩm chức năng đang khá “nóng” từ các doanh nghiệp nhập khẩu cho đến người tiêu dùng. Do đó, hành lang pháp lý điều chỉnh lĩnh vực này cũng ngày càng chặt chẽ hơn. Ngoài những quy định cứng ra còn có nhiều quy định cụ thể điều chỉnh việc đăng ký lưu hành thực phẩm áp dụng cho từng mặt hàng đặc biệt như: sữa bột, sữa tươi, thực phẩm giành cho trẻ em… Tuy nhiên hiện nay luật pháp quốc tế cũng chưa có một quy định chung hay các quy đinh mang tính song phương hay đa phương điều chỉnh về thực phẩm chức năng. Vấn đề xung đột pháp luật vẫn xảy ra như việc loại sản phẩm này là thực phẩm chức năng tại nước sản xuất nhưng khi muốn lưu hành tại Việt Nam lại không đáp ứng được các điều kiện về công bố thực phẩm chức năng theo pháp luật Việt Nam.
Hướng tới sự thống nhất về pháp luật và sự bình ổn trên thị trường thực phẩm chức năng. Các quốc gia cần có những hiệp định song phương hoặc đa phương điều chỉnh những quy định mang tính chất quy định khung.