Theo quy định cũ; Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn thương mại (invoice) để thực hiện thủ tục khai hải quan khi xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ ra nước ngoài. Như vậy, Hóa đơn GTGT chỉ sử dụng cho hàng hóa buôn bán nội địa.
Quy định tại Nghị định số 12/2020/NĐ-CP hứng dẫn thi hành luật Luật Quản lý thuế. Theo đó, Doanh nghiệp thực hiện xuất hóa đơn GTGT khi làm thủ tục xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ ra nước ngoài, xuất vào khu phi thuế quan. Cụ thể: Cơ sở lập hóa đơn điện tử GTGT cho hàng xuất khẩu khi:
+ Sau khi hàng hóa đã thực hiện xuất khẩu, có xác nhận của cơ quan hải quan đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu.
+ Sau khi làm xong thủ tục cho hàng hóa xuất khẩu đối với người khai hải quan kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
Như vậy, Thời điểm doanh nghiệp thực hiện việc phát hành hóa đơn GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu là sau khi người khai hải quan hoàn thành thủ tục hải quan xuất khẩu.